Родился 24 апреля 1868 в г.Сюри на острове Окинава в бедной семье мелкого чиновника. Юный Фунакоши рос слабым и болезненным ребенком. Заботу о воспитании маленького Гичина взял на себя его дед, Гифуку Фунакоши, который преподавал в местной школе ряд классических наук: конфуцианскую литературу, грамоту, каллиграфию. В школе Гичин Фунакоши подружился с сыном Азато Ясуцунэ, мастера Сюри-тэ, одного из направлений каратэ – традиционного рукопашного боя Окинавы.

        В 1888 Фунакоши сдал экзамен на младшего преподавателя начальной школы и, пойдя по стопам деда, стал школьным учителем. Эта должность не предусматривала высшего образования, которое Фунакоши так и не получил, однако среди жителей провинциального Сюри Фунакоши считался весьма образованным человеком.

        В эпоху Мэйдзи, с введением всеобщей воинской повинности, правительство Японии стало уделять пристальное внимание физическому развитию учеников средних школ. Данные медицинского обследования середины 1890-х годов на Окинаве выявили удивительную пропорциональность, силу и выносливость подростков, с детства занимавшихся каратэ. К тому времени армейское и военно-морское командование, обобщив опыт японско-китайской войны, признало пользу боевых искусств в подготовке личного состава вооруженных сил. В 1906 по инициативе окинавского мастера Итосу состоялись первые показательные выступления по каратэ, на которых присутствовали десятки официальных лиц. В этой демонстрации принимал участие и 37-летний Фунакоши. Министр образования Японии Огава Синтаро согласился ввести окинава-тэ, как тогда называли каратэ, в программу преподавания средних школ и некоторых высших учебных заведений острова. С этого момента каратэ получило официальный статус учебной дисциплины.

        В 1916 Фунакоши в составе делегации с Окинавы принял участие в показательных выступлениях в Киото (Япония). В 1921 на пути в Европу кронпринц Хирохито, будущий император Японии, посетил Окинаву, где для него была устроена демонстрация ката, тамэсивари (разбивание предметов) и кумитэ в замке Сюри. Принц, человек весьма воинственных устремлений, был восхищен этой демонстрацией, что в конечном итоге решило судьбу каратэ. Общественное мнение было сформировано – каратэ получило официальное признание в высших слоях общества.

        В 1922 Фунакоши приехал в Токио для участия в первом национальном фестивале спорта, организованном министерством образования, и познакомился с патриархом дзюдо Кано Дзигоро. Обращение к Кано не было случайным. Фунакоши шел на поклон не только к отцу дзюдо, но и к президенту Японской атлетической Ассоциации, президенту Японского общества Физического воспитания, представителю Японии в международном олимпийском комитете, – фактически к человеку, от слова которого зависела судьба любого нового вида физического воспитания в Японии. Кано пригласил Фунакоши в Кодокан для показательных выступлений по каратэ и был очарован интеллигентным и грамотным мастером с Окинавы.

        В 1922 в Токио вышла в свет первая книга Фунакоши – «Рюкю кэмпо каратэ», что в дословном переводе: «Кулачные методы китайской руки с островов Рюкю». Название весьма примечательное – здесь подчеркивается, с одной стороны, окинавское происхождение каратэ, а с другой стороны, его генетическая связь с Китаем.

        Скопив немного денег, Фунакоши открыл первый крошечный зал при храме Мэйсёдзоку, который содержал за свой счет. Его усилия не прошли даром, и у него появились первые ученики. В сентябре 1924 Фунакоши открыл клуб каратэ в университете Кэйо. В 1925 написал новую, переработанную версию своей первой книги, уже под другим названием – «Рэнтан госин каратэ-дзюцу» – «Искусство каратэ для закалки тела и духа и для самозащиты». Уже в 1926 открылся второй клуб при Токийском университете в Итико. С 1927 начали действовать группы каратэ в университетах Васэда, Такусёку, СёДай, Хитоцубаси. К 1930 в одном лишь Токио было открыто около тридцати залов, находящихся под руководством непосредственно Фунакоши. Мастер работал сутками, проводил по несколько тренировок в день в разных концах города, писал статьи, работал над новой книгой, которая должна была завершить создание концепции «нового» каратэ. Дабы стимулировать учеников к поэтапному продвижению в каратэ, в 1926 он, по аналогии с дзюдо, ввел жесткую систему званий – ученических (кю) и мастерских (данов), присуждая с первого дана черный пояс как знак высшего мастерства.

        Термин каратэ-до (каратэ, как духовный путь) появился у Фунакоши только в 1935 в книге Каратэ-до Кёхан. Иероглиф «до» он принял под влиянием дзюдо, где была разработана концепция боевого искусства как пути жизни. Именно в середине 1930-х годов Фунакоши завершил создание теоретической базы своего боевого искусства.

        В 1935 реализовалась давняя мечта Фунакоши, которую он лелеял много лет, – он построил собственный зал в квартале Мэйдзюро в Токио. Его сооружение было закончено к середине 1936. Зал получил название «Шотокан». Именно под псевдонимом «Шото» писал когда-то Фунакоши свои стихи в подражание древним китайским поэтам. Иероглиф «Шо» (Сё) буквально означает «сосна», иероглиф «то» – «море». С этого момента его зал и стиль каратэ назывался «Зал сосны и моря» или «Зал мастера Шото (Сёто)».

        Весной 1945 зал "Шотокан" был до основания разрушен во время американского авианалёта. Погибли многие архивы и записи Фунакоши. В этом же году умер от туберкулеза его сын и первый помощник Ёшитака.

        В 1949 в стране завершилось послевоенное возрождение каратэ, а фактически – становление нового подхода к каратэ как к физическому воспитанию, ориентирующемуся на спорт. В том же году была создана Японская ассоциация каратэ (JKA). Фунакоши был избран ее почетным президентом.

        Умер Фунакоши Гичин в Токио 14 ноября 1957г.