Третий сын Гичина Фунакоши, родился в 1907 году. С детства рос довольно хилым и болезненным ребенком, а в двенадцать лет врачи обнаружили у него туберкулез и вынесли жестокий приговор: юноша не доживет и до двадцати. Но Йошитака решил не смиряться с выводами врачей и активно принялся за тренировки, он учился у своего отца, у других окинавских мастеров, оттачивая удары день и ночь. Долгие часы он проводил за дыхательными упражнениями и в медитации, регулируя свои энергию и сознание. Правда, до конца жизни он так и не смог победить болезнь, которая даже сейчас является трудноизлечимой, но все же прожил втрое больше срока, отведенного ему врачами. Это был поистине удивительный человек, сила воли которого восхищала даже опытных бойцов.

         В 40-х годах, когда Гичин Фунакоши, в силу преклонного возраста, уже не проводил тренировки лично, Йошитака фактически исполнял роль старшего инструктора и управлял додзе, отец видел в нем своего приемника.

         Благодаря юношескому максимализму он привнёс свои изменения в Шотокан, которые отец не всегда приветствовал. Он начал совершенствовать технику отца и развил эффективный стиль свободной борьбы, следуя техническим и стратегическим критериям. Под влиянием многих учеников (одним из которых является сенсэй Накаяма), Йошитака Фунакоши решил включить в обучение упражнения по свободному бою. Он ввел в технику Шотокана удары с дальней дистанции и технику стремительных входов с длинных дистанций (цуги аши), эффектные удары ногами в верхний уровень: маваши дзедан, ура-маваши-дзедан, йоко тоби-гери, технику боя основанную на стойке фудо-дачи, с применением тейшо. Как полагают, именно Йошитака ввел и правило разворота в бедрах в положение ханми (положение боком к противнику), при проведении ударов и блоков руками. Высокие, короткие стойки дзэнкуцу-дачи, которые использовал Гичин Фунакоши, он заменил на длинные и низкие. Такие стойки требовали гораздо большей силы и выносливости ног, и их введение по новому поставило вопрос об уровне физической подготовленности каратистов.

         Вообще физической подготовке и кондиции Йошитака придавал колоссальное значение. Наряду с такими основными элементами тренировки как ката и интенсивная отработка базовой техники, в зале Шотокан много времени отводилось на упражнения в набивке рук, во время которых один партнер наносил другому удары, а второй отбивал их жесткими блоками. Тренировки в котэ-китаэ были столь яростными, что, по его словам, "по пути домой все окунали руки в пожарные цистерны с холодной водой и, только охладив их, расходились".

         Огромные изменения, по-видимому, именно с его подачи, произошли и в ката. Во всяком случае, некоторые ката современного Шотокан разительно отличаются от всех окинавских вариантов и вариантов других японских школ каратэ. Йошитака, оценивая исполнение ката своим состарившимся отцом, который выполнял все движения неторопливо и величаво, не раз говорил ученикам, что, с точки зрения практической целесообразности, "исполнять ката так, как это делает мой отец, нельзя". В то время как Фунакоши Гичин делал акцент на практике ката, Йошитака начал активно разрабатывать различные виды учебного спарринга.

         Как полагают, Йошитака раньше всего ввел гохон кумитэ – обусловленный учебный бой с перемещениями на 5 шагов. Возможно, эту методику он позаимствовал из кэндо, которое изучал под присмотром выдающегося мастера того времени Накаяма Хакудо. В 1933 году к числу тренировочных методов он добавляет - кихон иппон кумитэ - обусловленный учебный бой с одной атакой, а за ним и дзию иппон кумитэ - свободный учебный бой с использованием одной атаки, который практиковался не только стоя на месте, но и в перемещениях. Йошитака больше всего любил именно этот вид тренировки.

         Введение этих методов вдохновило Гичина Фунакоши на разработку Небесного ката - Тэн-но ката, которое состоит из 2-х частей - части, исполняемой индивидуально, и части, исполняемой в виде серии кихон иппон кумитэ с партнером. Наконец, в 1935 году, Йошитака завершил разработку методики учебных спаррингов введением в обиход дзю кумитэ – свободных учебных боев. Надо сказать, что Гичин Фунакоши до конца своих дней в высшей степени отрицательно относился к свободны поединкам, в то время как Йошитака их всемерно поощрял. Организовывая поединки с другими учениками, представителями разных стилей, Йошитака на практике проверяет свой стиль преподавания.

         В 1936 году Фунакоши Гичин опубликовал книгу "Каратэ-до кёхан", в которой представил все эти новшества, включая изменения в ката. Фактически, публикацию этой книги можно рассматривать как декларацию о рождении японского каратэ, лишь отдаленно напоминающего свой окинавский прототип, и основную роль в его создании сыграл именно Йошитака. В базовой технике остались ката его личной разработки - Тэкиёку. Практически, это он и Накаяма заложили основы техники современного кумитэ Шотокан, которая используется до сих пор.

         Йошитака Фунакоши скончался в 1945 году. Его ученики стали верными последователями стиля Шотокан.